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作者:陳吉娜單位:福建正德信司法鑒定所
以單核苷酸多態性(SNP)為核心的dna分子標記:SNP是基因組中單個堿基缺失和插入,單個核苷酸的顛換產生的差異。SNP位點幾乎遍布于整個基因組;其遺傳穩定性高,易于進行自動化分析。
SNP在種群中是二等位基因性的,部分SNP可能會直接影響蛋白質的結構或基因表達水平。對于SNP的檢測可以通過經典的凝膠電泳法以及高通量的檢測方法如,DNA測序法、DNA芯片檢測、飛行質譜儀檢測、變性高效液相色譜法等。Westen等和Mead等的實驗結果均表明,對于腐敗降解的檢材,SNP的DNA分析結果較STR的分析結果好。
用于法醫學的DNA分子標記技術
1常染色體分析:隨著復合熒光標記技術以及自動分型儀器的使用,使得工作者能從少量的DNA檢材中獲得遺傳信息,STR-PCR分析已經成為法醫DNA檢驗中的主要技術手段。人體基因組中含有高變區,這些高變區是一些串聯重復序列。STR廣泛存在于真核生物基因組中,其核心序列為2~6bp,重復次數通常在5~40之間。STR具有多態性高,操作簡單、檢測靈敏度高等優點。自20世紀末STRs商業試劑盒投入生產并廣泛使用以來,大批商業試劑盒,都包含有15~16個高多樣性的STR基因座,例如PowerPlex○RESX、ESI系統、AmpFlSTR○RNGM,這些試劑盒在引物設計,緩沖液成分、擴增條件,提高痕量樣本的分析等方面進行了改進。同時商業試劑也在處理降解DNA和痕量DNA方面進行改進,例如減少旁側區的擴增長度,增加核心位點,如miniSTR,以適合更多痕量檢材的檢測。
2性染色體分析:對于常染色分析受限的檢材,性染色體STR為法醫個體識別和親權鑒定提供了新途徑。Y染色體由父親直接遺傳給兒子,大部分Y染色體不發生重組,后代遺傳變異小,在男性組織成分的個體識別和父系家族的親權鑒定中具有獨特的應用價值。Thomas等利用電離飛行時間質譜分析了來自不同種族的16個Y-STR基因座,結果可行。由于Y-STR的局限性,在應用Y-STR進行家系調查時應注意應用的范圍,排查前要收集族譜,明確家庭間的遺傳關系。X-STR對于雙親缺乏的同父異母姐妹親緣關系認定、涉及父女關系的單親親權鑒定等方面案件有特殊作用。X染色體在遺傳過程中為性連鎖遺傳,在X-STR的應用中應注意連鎖不平衡和單倍體等問題。單個STR基因座能提供的信息量有限,主要依靠X-STR復合擴增體系。暢晶晶等通過中國華東地區漢族人群200個無關個體的調查建立遺傳學資料,篩選出了48個位點分型結果穩定、重復性好的X-SNP位點。
3線粒體DNA分析:人類線粒體DNA(mtDNA)是分布于細胞核外的人類遺傳物質,存在于各種組織、細胞中,呈穩定的母系遺傳,mtDNA序列多態性大多局限于D-Loop區。除血、組織等常見檢材外,毛發、指甲等特殊檢材也可以用于mtDNA分析。目前主要采用熒光標記的循環測序法進行mtDNA測序,但檢測成本較高,應用受到一定限制。國外已建立有專門的mtDNA數據庫EMPOP(EuropeanmtDNAPopulationDatabase)。張明陽等采用限制性片段長度多態性PCR(PCR-RFLP)法,用限制酶RsaI和MnlI消化線粒體DNA控制區(mtDNAD-LOOP區),檢測mtDNA,認為PCR-RFLP法適合在基層實驗室中用于mtDNA分析。
4全基因組擴增(WGA):以PCR技術為基礎的熒光標記STR分型技術在觸及模板DNA的量極少時,PCR擴增就會發生隨機效應,雜合子會現不對稱擴增,甚至出現等位基因丟失的檢驗結果。對于一些高度降解、痕量的DNA檢材,常常因為DNA模板不足而無法成功檢測。WGA技術是對整個基因組序列進行非選擇性的擴增,該技術可以對痕量的組織、甚至單個細胞的進行全基因組擴增。WGA主要分為兩類:一類是基于PCR的WGA技術,主要有簡并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)、連接反應介導PCR(LM-PCR)、擴增前引物延伸反應(PEP);但這些方法都不適用于痕量模板的擴增。另一類是基于等溫反應的WGA技術,如:多重置換擴增(MDA)和基于引物酶的全基因組擴增技術(pWGA)。全自動化工作站和DNA自動序列分析技術的開發和應用,實現了生物檢材進行批量處理分析。隨著分子生物學理論與技術的不斷發展和完善,通過生物信息學、基因芯片等高新分子標記技術的相互融合、滲透以及DNA數據庫的建立,必將不斷開發出更多信息量大、準確度高、成本低的適用于法醫工作的分子標記技術。